Su deposu temizliği, depo içerisinde bulunan yosunlaşma, film tabaka, çamur, cürüf, tortu vb. kalıntılarının bertaraf edilmesi ve fiziki temizlik sonrası açığa çıkan yada iç yüzeyde yapışık bulunan, bakteriler için dezenfeksiyon işlemi yapılmasıdır. Su depolarına temizlik sonrası, Sağlık Bakanlığından ruhsatlandırılmış geniş spektrumlu, dezenfektan biyosidal ürünleri kullanılarak, iç alanları dezenfekte edilmelidir. Yapılacak olan dezenfeksiyon işlemi su deposunun içi için geçerlidir. Eğer su da mikrobiyolojik canlılar varsa temiz depo içerisine bulaşmaktadır.